Algunos bosques secos, como el Chaco y ciertos bosques andinos, forman un mosaico con distintas condiciones ambientales, lo que permite evaluar como el clima y el paisaje (vegetación y topografía) impactan en conjunto en la evolución biológica. En este trabajo evaluamos el impacto del clima y el paisaje sobre el flujo genético y el recambio de la composición genómica de aves de bosques secos. Para esto estudiamos la estructura filogenómica (marcadores ddRAD, media=5448 SNPs/modelo) de cuatro modelos con poblaciones o linajes en tierras bajas (Chaco y Pampas) y en tierras altas (Andes) de Argentina y Bolivia. Los análisis de estructura genética poblacional separaron en todos los casos las tierras altas de Bolivia de las tierras altas de Argentina, así como de todas las tierras bajas. El aislamiento entre poblaciones de tierras altas y bajas fue variable (Fst-medio/SNPs: 0,05–0,34), con barreras al flujo génico asociadas a las laderas de los Andes, mientras que todas las poblaciones de tierras bajas estuvieron conectadas por un alto flujo génico. El análisis de la asociación entre SNPs y las variables ambientales indicó una mayor influencia del componente geográfico, seguido del clima y la altitud, y una baja influencia de los predictores relacionados a la vegetación. Observamos un gran recambio en la composición alélica entre tierras altas y bajas. En conclusión, aislamiento por distancia y las variaciones altitudinales, así como las variables climáticas correlacionadas con la altitud, tuvieron una gran influencia en la estructura genética de aves de bosques que habitan el gradiente Chaco-Andes.