La pérdida y fragmentación del hábitat pueden llevar a la reducción de los tamaños efectivos poblacionales y a modificar los patrones de variabilidad genética de poblaciones locales. En este estudio se cuantificó la variabilidad genética de63 ejemplares de Ñandú (Rhea americana) pertenecientes a 6 poblaciones utilizando ISSR (Inter Simple Sequence Repeats) como marcadores moleculares. Las poblaciones estudiadas se encuentran en dos áreas con diferente disturbio antrópico: 3 de ellas en el pastizal natural (provincia de San Luis) y 3 en un agrosistema (sur de Córdoba). Se ensayaron 29 cebadores de ISSR, de los que sólo 6 originaron patrones 100% repetibles, que presentaban al menos una banda polimórfica. Se analizaron 65 loci, de los cuales 16 resultaron variables. La proporción de loci polimórficos osciló entre 4,6 a 13,8 en las distintas poblaciones. La diferenciación genética entre poblaciones dentro de una misma área no fue significativa y tampoco se observaron diferencias entre ambas áreas. Esta escasa estructuración genética puede deberse a que la fragmentación del hábitat ha sido relativamente reciente como para detectar cambios en la distribución de la variabilidad. Además, el largo tiempo generacional del Ñandú (> 2 años) puede estar contribuyendo al bajo grado de polimorfismo en sus poblaciones. A los fines de conservación, la baja variabilidad observada señala un riesgo potencial para la viabilidad de estas poblaciones.